1215 findet sich in Eibelstadt ein Pfarrsitz mit Filialkirchen in Sommerhausen und Lindelbach. Der erste Pfarrer heißt Conrad. Ende des 12 Jahrhunderts entstand wohl eine romanische Kirche wie die Bauart des Untergeschosses im Turm vermuten lässt.

1266 beginnt die Grundherrschaft der Dompropstei.

1341 wird Sommerhausen von der Mutterpfarrei Eibelstadt getrennt.

1484 so verrät eine Jahreszahl, wird der Chor der Kirche gebaut.

1507 und 1521 entstehen die beiden Seitenschiffe.

1546 wallen die Eibelstädter erstmals nach Theilheim.

1568 am 26. April predigt der Jesuit Petrus Canisius in Eibelstadt.

1619 wird der Friedhof, der bisher um die Kirche war, außerhalb der Stadtmauer eingeweiht.

1625 erhält der Turm eine Galerie.

1632 werden in den Pfarrmatrikeln 393 Pesttote genannt.

1652 wird die Dettelbachwallfahrt erstmals erwähnt.

1661 wird die Kreuzkapelle geweiht. Sie geht auf eine Stftung des Lehrers, Organisten und Ratsherrn Wilhelm Doles zurück.

1799 entsteht das klassizistische Chorgestühl.

1802 endet die Grundherrschaft der Dompropstei mit der Auflösung des Hochstifts.

1848 zerstört ein Brand große Teile des Kirchenbodens und des Turmes.

1890 schließt Eibelstadt mit den Erlöserschwestern einen Vertrag über die Errichtung einer Kinderbewahranstalt.

1956 kam die Synagoge in Sommerhausen in den Besitz der Pfarrei Eibelstadt.

1962 erhält der Kirchturm Eibelstadt ein ähnliches Aussehen wie vor dem Brand von 1848.

1974 verlassen die Erlöserschwestern die Pfarrei Eibelstadt.

1977 erfolgt die Einweihung des modernen dreizügigen Kindergartens St. Nikolaus.

2006 kommt Lindelbach zur Pfarrei Randersacker.

2009 seit dem 1. Oktober gehört die Pfarrei nicht mehr zum Dekanat Ochsenfurt, sondern zum Dekanat Würzburg rechts des Mains.

Seit 8. Februar 2009 gehört Eibelstadt zur Pfarreiengemeinschaft "Randersacker - Theilheim - Eibelstadt".